受管理当局自身能力及内外部环境等主客观因素的制约，企业内部控制只能为实现既定的目标提供合理的保证。任何企业或组织的内部控制无论设计得多么完善，运行得多么有效，它都无法消除其本身所固有的一些局限，即内部控制不应被期望可以消除所有现存以及潜在的企业缺陷。通常而言，内部控制的固有局限性主要表现为以下方面。

1．成本限制

一般而言，各种控制程序和方法的成本不应超过错误或潜在风险可能造成的损失和浪费。一些理想的内部控制往往因成本太高而不为管理当局采用。例如，要提高财务会计资料准确性和可靠性的规定，企业就必须加强对会计人员常规性的培训或招聘高水平专业人员，但对于小规模的企业来说，聘请专门的会计师事务所代为记账、编制报表及办理有关的纳税业务可能要比自设相应的人员与机构合算得多。

2．非经常事项的不适性

内部控制措施一般都是企业结合本身经营活动的特点，针对那些有可能经常发生的事项而设置的，而对于那些非经常发生或难以预料到的业务活动往往就有失控或原有控制不适用的可能，如对功能独特的新产品的研制及相关资金的筹措等。

3．人为错误

即使很有效的内部控制，也可能因执行人员缺乏控制意识、错误的理解与判断、粗心大意、精力分散或其他人为因素而失效。例如，员工会对指导误解，会做出错误判断，甚至会由于粗心、注意力分散或疲倦而出差错；代替缺席或生病雇员的临时员工可能不能正确地执行控制的职责；员工尚未接受系统培训等。