农业企业一般按照行业分别设置“农业生产成本”、“畜牧养殖业生产成本”和“林业生产成本”、“渔业生产成本”一级科目，核算农产品发生的实际  成本。在“农业生产成本”、“畜牧养殖业生产成本”  和“林业生产成本”、“渔业生产成本”下再设立“直  接材料”、“职工薪酬”、“机械作业费”、“其他直接费用”、“间接费用”等项目，从而进行成本核算。

其中，值得注意的是：

农业企业的“机械作业费”项目，是指种植业生产过程中农用机械进行耕耙、播种、施肥、除草、喷药、收割、脱粒等机械作业所发生的费用，实务中通常还包括机械作业过程中的直接耗用的燃料、润滑油等、机务人员的职工薪酬以及农机具折旧费等。“其他直接费用”项目，实务中通常包括种植业生产过程中的灌溉费，畜牧养殖业生产过程中的饲养家禽直接耗用的燃料、动力费、禽畜防治病害的医药费、畜禽专用固定资产的折旧费以及渔业生产过程中的清塘费等。

“间接费用”类似于制造费用，通常包括有关生产部门发生的管理人员的职工薪酬、固定资产的折旧费、机物料消耗、低值易耗品摊销、劳动保护费、水电费、办公费、保险费、正常停工损失等费用。