企业集团内部控制有两个层次的含义，企业集团作为企业的一种形式，需要有其总括的内部控制，这一层次内部控制由集团董事会、管理层和员工共同设计并实施的，旨在为实现集团整体目标提供理论依据的过程。另一层次内部控制是专指由企业集团总部管理层、子公司经理和员工共同设计并实施的，旨在为实现集团整体目标而对子公司进行的控制活动和制度。前一层次内部控制属于广义企业集团内部控制，与单个企业内部控制相似，后一层次内部控制属于狭义的企业集团内部控制，为企业集团内部控制的特殊形式。

狭义的企业集团内部控制与单个企业最大的不同，在于其下属的控制对象不是企业部门和单位，而是具有法人地位的子公司。因此，如何通过集团内部控制制度规定，保证子公司的行动在集团可控范围之内，进而实现控制目标，而又不影响子公司的合法权利，成为集团内部控制的难点问题。